Stargate Universe počinje kada je tajna ljudska svemirska baza Icarus, upravo u vrijeme dok se tim istraživača priprema na otključavanje posljednje tajne Zvjezdanih vrata, napadnuta. Usred bitke skupina civila i vojnog osoblja pokuša pobjeći natrag na Zemlju. Međutim, greškom se nađu u dalekom svemiru na nenaseljenom brodu Drevnih po imenu Destiny. Brod je programiran da putuje u neznanom smjeru i nemoguće ga je okrenuti natrag prema Zemlji. Nespremni i nevješti za putovanje, članovi posade prisiljeni su surađivati dok istražuju nove svjetove kako bi zadovoljili osnovne životne potrebe ne prestajući se nadati da će jednoga dana ipak pronaći put kući...